在当前的个人所得税制度下，综合年度所得自行申报已成为纳税人履行纳税义务的重要方式之一。对于许多纳税人来说，了解“综合年度所得自行申报是怎么扣除”这一问题，是顺利完成年度汇算的关键。

首先，我们需要明确什么是“综合年度所得”。根据我国现行税法，综合所得主要包括工资薪金、劳务报酬、稿酬以及特许权使用费等四项收入。这些收入在年终时会合并计算，按照统一的税率表进行计税，并通过自行申报的方式完成年度个税的清算。

那么，“综合年度所得自行申报是怎么扣除”呢？这里的“扣除”主要指的是在计算应纳税所得额时，可以依法从收入中减去一定的费用和专项附加扣除项目。

常见的扣除项目包括：

1. 基本减除费用：每月5000元的基本扣除标准，全年合计6万元。

2. 专项扣除：包括基本养老保险、医疗保险、失业保险和住房公积金等。

3. 专项附加扣除：如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等。

4. 其他扣除：如符合条件的公益捐赠等。

在进行年度申报时，纳税人需要将上述各项扣除项目如实填写，系统会自动计算出最终的应纳税所得额，并与已预缴税款进行对比，多退少补。

需要注意的是，自行申报并不意味着所有信息都由纳税人手动输入。很多信息可以通过税务部门与相关部门的数据对接自动获取，例如社保缴纳情况、房贷信息等，从而减少填报负担。

此外，纳税人应确保所填报的信息真实、准确，避免因虚假申报而受到处罚。如有疑问，可及时咨询税务机关或通过官方渠道获取帮助。

总之，“综合年度所得自行申报是怎么扣除”这一问题，核心在于理解各项扣除项目的适用范围和申报流程。只有充分掌握这些内容，才能在年度汇算中做到合法合规、准确无误。